Khi báo The Independent đưa ra giả thuyết là những cuốn sách được nhà xuất bản Belge xuất bản ở bất kỳ nước nào khác cũng sẽ gây tranh cãi lớn", Zarakolu đã là đối tượng bị truy tố ở Thổ Nhĩ Kỳ vì các xuất bản phẩm của mình, trong đó có việc phạt tù dài hạn và bị phạt tiền, và nhà xuất bản Belge đã bị ném bom lửa năm 1995.[2] Theo báo The New York Times, thì năm 1997 Zarakolu được coi là "một trong những người thách thức gay go nhất đối với luật báo chí Thổ Nhĩ Kỳ". Các sách do bà xuất bản "đã lên án cuộc chiến chống lại quân du kích người Kurd của chính phủ Thổ Nhĩ Kỳ, buộc tội các lực lượng an ninh đã tổ chức những đội ám sát, và đưa ra tài liệu chứng minh các vụ giết nhiều người Armenia trong những năm đầu thế kỳ 20."[1] Năm 2006 Hiệp hội Nhân quyền Thổ Nhĩ Kỳ mô tả Zarakolu là "một trong những nhà tiên phong trong cuộc đấu tranh cho tự do tư tưởng và ngôn luận."[5] Trong thông cáo báo chí, tổ chức này lưu ý rằng bà ấy không những chỉ sẵn lòng xuất bản quyển Kurdistan, an Inter-States Colony của Ismail Beşikçi bất chấp một lệnh cấm dùng từ "Kurd", mà bà cũng đã "bắt đầu cuộc tranh luận về vấn đề "diệt chủng Armenia " lúc đó vẫn còn là một điều cấm kỵ ở Thổ Nhĩ Kỳ[5] Bà hướng sự chú ý tập trung vào các tình trạng và lịch sử của các người Kurd ở Thổ Nhĩ Kỳ, người Armenia ở Thổ Nhĩ Kỳ và người Hy Lạp ở Thổ Nhĩ Kỳ. Một số xuất bản phẩm đặc trưng của nhà xuất bản Belge ở Thổ Nhĩ Kỳ từng là đối tượng cho việc tranh cãi, trong đó có thi phẩm của Mehdi Zana, Les Arméniens: histoire d'un génocide (The Armenians: history of a genocide) của Yves Ternon, The Forty Days of Musa Dagh của Franz Werfel, nhiều sách của İsmail Beşikçi, và các bản tiểu luận của Lissy Schmidt, một nhà báo Đức đã chết khi theo dõi đưa tin về tình trạng ở Kurdistan thuộc Iraq.[2]

Trong năm 2005, tuần báo Armenian Reporter cho biết Zarakolu đã bị bắt giữ trên "30 lần"[6] Từng bị cầm tù 4 lần vì các xuất bản phẩm của mình, Zarakolu đã được tổ chức Ân xá Quốc tế gọi là tù nhân lương tâm.[1][2] Trong một cuộc phỏng vấn năm 2008, chồng bà cho biết trong thời gian ở tù, Zarakolu đã bị tra tấn.[7] Trong một lá thư ghi năm 2001, Zarakolu tỏ ý tin tưởng rằng "Lối để ngăn chặn nhiều nạn diệt chủng nữa, nhiều bi kịch nữa từ các biến cố thông qua kinh nghiệm chung của việc thể hiện sự thành tâm hối cải cho sự xấu hổ về những gì đã xảy ra trước đây", và bà cũng chỉ ra rằng "Về phần tôi, tôi đã làm nhiệm vụ của tôi. Tôi đã làm điều gì đó mà mọi người sẽ làm.... Và tôi sẽ tiếp tục làm như vậy."[8]

Sau khi qua đời năm 2002, Zarakolu vẫn còn phải đối mặt với các cáo buộc về việc xuất bản các sách Pontos Kültürü của Ömer Asan và The Song of Liberty của Hüseyin Turhallı, nhưng sau này các cáo buộc đó đã được bãi bỏ.[9][10] Người con trai của bà - Deniz Zarakolu – đã bị buộc tội là "khích động sự trả thù hoặc căm thù, có thể gây cho người này trở thành nguy hiểm cho người khác" do bài diễn văn mà anh ta đọc trong lễ tang của mẹ, nhưng sau đó anh ta đã được miễn buộc tội.[9]